
Сокращенное наименование Санкт-Петербургские Духовные школы или СПбПДА (СПбДА).
СПбПДА состоит под начальственным наблюдением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, осуществляемым через Учебный Комитет при Священном Синоде Русской Православной Церкви; финансируется из средств Московской Патриархии.
СПбПДА включает в себя академию, семинарию, регентское отделение, иконописное отделение и факультет иностранных студентов.
Небесный покровитель Санкт-Петербургских Духовных школ – святой апостол и евангелист Иоанн Богослов. Ежегодно в день памяти святого апостола - 9 октября - совершается праздничное богослужение и проводится торжественный акт.
Главой Санкт-Петербургской православной духовной академии является ректор — епископ Гатчинский Амвросий (Ермаков), викарий Санкт-Петербургской епархии, кандидат богословия. Ректор Санкт-Петербургских духовных школ назначается на должность указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси на основании определения Священного Синода Русской Православной Церкви.
Ректором утверждается внутренний распорядок и регламент работы, полномочия структурных подразделений и должностные обязанности работников Санкт-Петербургской духовной академии, семинарии, Регентского и Иконописного отделений, Факультета иностранных студентов. В пределах своей компетенции ректор издает приказы, распоряжения, указания, обязательные для исполнения работниками различных подразделений Санкт-Петербургской православной духовной академии.
Главным совещательным органом Санкт-Петербургской православной духовной академии является Общее собрание, в которое входят все члены профессорско-преподавательской корпорации.
Коллегиальным органом, осуществляющим общее руководство деятельностью академии, является Ученый совет, выделяемый из Общего собрания. В Ученый совет входят по должности ректор, проректоры, секретарь Ученого совета, заведующие кафедрами, профессора и доценты. Другие члены Ученого совета избираются Общим собранием или назначаются ректором.
Ректор осуществляет руководство Санкт-Петербургской православной духовной академией в соответствии с академическим Уставом, при посредстве заместителей — проректоров, утверждаемых в должности митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром по согласованию с Учебным комитетом Русской Православной Церкви.
Проректоры, секретарь Ученого совета, заведующие кафедрами, Регентским и Иконописным отделениями, декан Факультета иностранных студентов составляют администрацию Санкт-Петербургской православной духовной академии.
Первый проректор заслуженный профессор протоиерей Василий Стойков. Руководит выполнением ответственных задач по поручению ректора, а также участвует в представительской деятельности академии. Является первым проректором с 2009 года.
Проректор по учебной работе священник Владимир Хулап, доктор богословия. Организует учебный процесс и учебно-методическую работу в академии. Является проректором по учебной работе с 2009 года.
Проректор по научно-богословской работе протоиерей Димитрий Юревич, кандидат богословия. Организует научную работу в академии, отвечает за издательскую деятельность и курирует процесс компьютеризации. Является проректором по научно-богословской работе с 2008 года.
Проректор по воспитательной работе священник Вячеслав Никитин, кандидат богословия, благочинный Сестрорецкого округа Санкт-Петербургской епархии. Руководит воспитательной работой в академии. Является исполняющим обязанности проректора по воспитательной работе с 2009 года. В деятельности проректора ему помогают помощники проректора по воспитательной работе, осуществляющие непосредственную воспитательную и организационную работу со студентами. Проректор по воспитательной работе вместе со своими помощниками и курсовыми наставниками составляют воспитательское совещание, подотчетное ректору и Ученому совету.
Секретарь Ученого совета доцент протоиерей Кирилл Копейкин, кандидат богословия, кандидат физико-математических наук. Осуществляет подготовку заседаний Ученого совета, составляет протоколы заседаний, а также принимает участие в подготовке различного вида академической документации и решении различных вопросов. Является секретарем Ученого совета с 1999 года.
Заведующий Регентским отделением осуществляет общее руководство деятельностью Регентского отделения при Санкт-Петербургской православной духовной академии. Заведующим Регентским отделением с 1987 года является Михаил Иванович Ващенко, кандидат богословия.
Заведующий Иконописным отделением игумен Александр (Федоров), кандидат богословия, кандидат искусствоведения, председатель Архитектурной комиссии Санкт-Петербургской епархии. Осуществляет общее руководство деятельностью отделения. Является заведующим иконописным классом с 1989 года, заведующим Иконописным отделением - с 1997 года.
Декан Факультета иностранных студентов иеромонах Кирилл (Зинковский), кандидат богословия. Организационно содействует студентам из-за рубежа, обучающимся в академии, семинарии, на Регентском и Иконописном отделениях, в их учебе как по общим программам, так и по индивидуальным учебным планам. Является деканом ФИСа с 2004 года.
Ректором назначаются также:
Духовник Санкт-Петербургских духовных школ. С 2009 года это послушание несет протоиерей Вячеслав Харинов, кандидат богословия, благочинный Кировского округа Санкт-Петербургской епархии, настоятель храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в г.Санкт-Петербурге.
Благочинный и ризничий академического храма во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В настоящее время послушание благочинного несет иеромонах Мефодий (Зинковский), преподаватель академии, кандидат богословия, послушание ризничего – иеромонах Кирилл (Зинковский), преподаватель академии, кандидат богословия.